VMD sur les GPU Tesla

VMD est un programme de visualisation moléculaire permettant d’afficher, d'animer et d’analyser de grands systèmes biomoléculaires intégrant des représentations en 3D et des scripts. Plusieurs applications et kernels fondamentaux de VMD exploitent aujourd’hui CUDA, l’architecture massivement parallèle des GPU NVIDIA. Ces applications s’exécutent de 20 à 100 fois plus rapidement avec les GPU NVIDIA CUDA qu’avec des configurations privilégiant les CPU. Voir ci-après pour plus de détails.

Téléchargement et installation

• Les fichiers d’installation binaires de la version de VMD compatible avec CUDA sont disponibles au téléchargement sur le site Internet du Beckman Institute for Advanced Science and Technology.

Données de benchmark

Données fournies avec l’aimable autorisation du Theoretical and Computational Bio-physics Group, UIUC.

Plusieurs benchmarks détaillés relatifs aux avantages de l’accélération GPU de VMD sont disponibles sur la page NVIDIA des solutions verticales de dynamique moléculaire.

Présentations

• Retrouvez plusieurs publications et présentations expliquant les avantages de l’accélération GPU de VMD et NAMD à l’adresse suivante : http://www.ks.uiuc.edu/Research/gpu/#publications.
• From SC09: Accelerating Molecular Modeling Applications with GPU Computing - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign
• From 2009 GPU Technology Conference: GPU Accelerated Visualization and Analysis in VMD - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign
• Pour en savoir plus sur l’accélération des applications de dynamique moléculaire avec CUDA, rendez-vous sur notre page de dynamique moléculaire.

Interviews / Vidéos

• Lors du salon SC09: John Stone, de l’Université de l’Illinois, explique comment les GPU permettent d’exécuter plus rapidement VMD 412X
• SC09 BLOG auf NVIDIA nTersect: Studying the H1N1 Virus using NVIDIA GPUs

Forums de discussion

• Communautés de calcul par le GPU sur GPUcomputing.net

Nos solutions de calcul par le GPU sont disponibles sous la forme d’un supercalculateur personnel de bureau surpassant les performances d’un cluster de CPU à 32 cœurs, ou sous la forme d’un cluster délivrant les performances d’un supercalculateur avancé, pour 1/10ème de son prix et 1/20ème de sa consommation. Basées sur l'architecture révolutionnaire CUDA, ces solutions sont conçues pour accélérer les avancées de l’informatique scientifique.

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