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UGENE avec les GPU Tesla
Unipro UGENE est un pack logiciel gratuit de bioinformatique multiplateforme qui intègre de nombreux outils populaires de biologie via une interface flexible. Pour fournir un maximum de performances, UGENE exploite les GPU NVIDIA Tesla les plus récents pour optimiser ses routines de calcul. UGENE intègre un algorithme de Smith Waterman accéléré par CUDA et un aligneur ADN extrêmement rapide optimisé par les GPU CUDA.
Téléchargement et installation
- Télécharger Unipro UGENE
- Fonctionne sous Microsoft Windows, Linux et Mac OS X
- Intègre l’algorithme de Smith-Waterman accéléré par CUDA et un aligneur optimisé
- Manuel d’utilisation de UGENE (installation et documentation)
Données de benchmark
L’algorithme de Smith-Waterman accéléré par CUDA fournit des performances jusqu’à 9 fois plus rapides par rapport à l’implémentation parallèle de l’algorithme (telle qu’incluse dans le pack UGENE) et des performances jusqu’à 40 fois plus rapides par rapport aux implémentations traditionnelles de l’algorithme.Pour plus de détails, veuillez consulter la page de benchmark UGENE.
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Dossiers et présentations
- Rapport technique: « Application des procédures de GPGPU pour accélérer l’alignement de séquences ADN dans Unipro UGENE. »
- Publications complémentaires sur l’accélération des applications de bio-informatique via les GPU
Forums de discussion
Interviews / Vidéos
SOLUTIONS GPU
Les applications Tesla Bio Workbench, optimisées par la puissance des GPU, peuvent être déployées dans des supercalculateurs de bureau ou dans des centres de données. Basées sur l'architecture révolutionnaire massivement parallèle CUDA, ces solutions sont conçues pour accélérer les avancées de l’informatique scientifique.
CONFIGURATION MATÉRIELLE RECOMMANDÉE
| Stations de travail de bureau | Centres de données |
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