Tesla

CUDASW++ sur les GPU Tesla

 

CUDASW++ est un logiciel de bio-informatique permettant d’accélérer les recherches dans les bases de données protéiques de Smith-Waterman en exploitant CUDA, l’architecture massivement parallèle des GPU NVIDIA Tesla, afin d’effectuer des recherches de séquences de à 10 à 50 fois plus vite qu’avec NCBI BLAST. CUDASW++ supporte des longueurs de requête jusqu’à 59K.

Téléchargement et installation

Données de benchmark

CUDASW++ peut exploiter plusieurs GPU Tesla afin d’exécuter ses simulations de 10 à 50 fois plus vite qu’avec NCBI BLAST, et ainsi obtenir jusqu’à 30 GCUP sur des longueurs de requête d’une valeur de 5000 et plus. Alors que BLAST est un algorithme heuristique, CUDASW++ permet d’obtenir un alignement local optimal avec l’algorithme de Smith-Waterman.

CUDASW++

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Nos solutions de calcul par le GPU sont disponibles sous la forme d’un supercalculateur personnel de bureau surpassant les performances d’un cluster de CPU à 32 cœurs, ou sous la forme d’un cluster délivrant les performances d’un supercalculateur avancé, pour 1/10ème de son prix et 1/20ème de sa consommation. Basées sur l'architecture révolutionnaire CUDA, ces solutions sont conçues pour accélérer les avancées de l’informatique scientifique.

CONFIGURATION MATÉRIELLE RECOMMANDÉE

Stations de travail de bureau Centres de données
  • GPUs
    • 2 GPU de calcul Tesla C1060

  • CPU et mémoire
    • CPU x86 à 2,33 GHz
    • >Plus de 8 Go de mémoire (4 Go de mémoire principale par GPU Tesla C1060)
  • Non applicable (la version CUDA d’SW++ n’est pas encore compatible avec MPI)

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