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NAMD sur les GPU Tesla
L’équipe de l’Université de l’Illinois à Urbana-Champaign (UIUC) exploite les avantages de l’accélération CUDA avec NAMD depuis 2007. Ce groupe de recherche y effectue des calculs d’échelle grâce au cluster Lincoln NCSA compatible avec Tesla, et a réussi à démontrer que 4 GPU Tesla peuvent surpasser les performances d’un cluster avec 16 CPU quad-core.
Téléchargement et installation
- Téléchargement des fichiers binaires de NAMD 2.7 (beta v2)(site Internet de l’UIUC)
- Notes de publication
Données de benchmark
Comme présenté ci-dessous, NAMD présente de très bons résultats avec un cluster de GPU Tesla.
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| Données fournies avec l’aimable autorisation du Theoretical and Computational Bio-physics Group, UIUC. |
Dossiers techniques
Vous pouvez consulter plusieurs articles relatifs à l’accélération GPU avec NAMD et VMD sur le site Internet de l’UIUC.
Pour en savoir plus sur l’accélération des applications de dynamique moléculaire grâce à CUDA, vous pouvez également vous référer à notre page de dynamique moléculaire.
Présentations
- Publications and presentations on GPU acceleration in VMD and NAMD by Klaus Schluten’s Group
- Discussion of VMD and NAMD from SC09: Accelerating Molecular Modeling Applications with GPU Computing - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign
- Discussion of VMD and NAMD from 2009 GPU Technology Conference: GPU Accelerated Visualization and Analysis in VMD - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign
Forums de discussion
Interviews / Vidéos- SC09 BLOG on NVIDIA nTersect: Studying the H1N1 Virus using NVIDIA GPUs
- SC08 Interview of James Phillips, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign
Solutions GPU
Nos solutions de calcul par le GPU sont disponibles sous la forme d’un supercalculateur personnel de bureau surpassant les performances d’un cluster de CPU à 32 cœurs, ou sous la forme d’un cluster délivrant les performances d’un supercalculateur avancé, pour 1/10ème de son prix et 1/20ème de sa consommation. Basées sur l'architecture révolutionnaire CUDA, ces solutions sont conçues pour accélérer les avancées de l’informatique scientifique.
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SOLUTIONS DE STATIONS DE TRAVAIL SUPERCALCULATEUR PERSONNEL TESLA Solutions de supercalcul personnel de bureau
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SOLUTIONS DE CENTRES DE DONNÉES CLUSTERS TESLA DE CALCUL PAR LE GPU Installations de calcul à grande échelle
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