Tesla

MUMmerGPU sur les GPU Tesla

 

MUMmerGPU est un logiciel de bio-informatique permettant d’aligner des séquences à haut débit grâce à la puissance des GPU. MUMmerGPU permet d’accélérer l’alignement de multiples séquences de requêtes depuis une seule séquence de référence en exploitant CUDA, l’architecture massivement parallèle des GPU NVIDIA Tesla.

Téléchargement et installation

Données de benchmark

MUMmerGPU (version 2.0) fournit des gains de vitesse de 3 à 4 fois par rapport à MUMmer (basé sur des configurations CPU). Les données du tableau ci-dessous sont basées sur MUMmerGPU version 1.0 et seront prochainement mises à jour.

MUMmerGPU
Données fournies avec l’aimable autorisation de l’Université du Maryland

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SOLUTIONS GPU

Nos solutions de calcul par le GPU sont disponibles sous la forme d’un supercalculateur personnel de bureau surpassant les performances d’un cluster de CPU à 32 cœurs, ou sous la forme d’un cluster délivrant les performances d’un supercalculateur avancé, pour 1/10ème de son prix et 1/20ème de sa consommation. Basées sur l'architecture révolutionnaire CUDA, ces solutions sont conçues pour accélérer les avancées de l’informatique scientifique.

CONFIGURATION MATÉRIELLE RECOMMANDÉE

Stations de travail de bureau Centres de données
  • GPUs
    • 1 GPU de calcul Tesla C1060 (la version CUDA d’MUMmer supporte pour l’instant un seul GPU)
  • CPU y memoria principal
    • CPU x86 à 2,33 GHz
    • Plus de 8 Go de mémoire (4 Go de mémoire principale par GPU Tesla C1060)
  • Non applicable (la version CUDA d’MUMmer n’est pas encore compatible avec MPI)

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