Tesla Bio Workbench

LAMMPS sur les GPU Tesla

 

LAMMPS est une suite logicielle de dynamique moléculaire traditionnellement conçue pour s’exécuter sur des machines parallèles. La version CUDA de LAMMPS est accélérée par les capacités de calcul des GPU, ce qui permet d’obtenir des résultats plus rapides.

Téléchargement et installation

  • GPU LAMMPS
    • Le code GPU LAMMPS est compatible avec MPI. Il est accéléré par les configurations multi-GPU.

Données de benchmark

LAMMPS offre de très bons résultats avec les configurations multi-GPU, comme présenté ci-dessous. Deux GPU Tesla exécutant GPU-LAMMPS s’avèrent plus puissants que 24 CPU.

LAMMPS Results on CPU vs GPU Clusters
Données fournies avec l’aimable autorisation de Scott Hampton et Pratul K. Agarwal (Laboratoire national de Oak Ridge)

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Solutions GPU

Les applications Tesla Bio Workbench, optimisées par la puissance des GPU, peuvent être déployées dans des supercalculateurs de bureau ou dans des centres de données. Basées sur l'architecture révolutionnaire massivement parallèle CUDA, ces solutions sont conçues pour accélérer les avancées de l’informatique scientifique.

CONFIGURATION MATÉRIELLE RECOMMANDÉE

Station de travail de bureau Centres de données
  • GPU
    • 4 GPU Tesla C1060
  • CPU et mémoire
    • CPU x86 à plus de 2,33 GHz
    • Plus de >16 Go de mémoire (4 Go de mémoire principale par GPU Tesla C1060)
  • GPU par nœud
    • Solutions Tesla S1070 (avec 4 GPU dans une configuration en 1U) ou des serveurs hybrides avec des GPU M1060
  • CPU et mémoire
    • CPU x86 à plus de 2,33 GHz sur chaque serveur
    • 16 Go de mémoire par serveur

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