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GPU-HMMER sur les GPU Tesla
GPU-HMMER est un logiciel de bio-informatique permettant d’aligner les séquences protéiques avec des profils HMM en exploitant CUDA, l’architecture massivement parallèle des GPU NVIDIA Tesla. GPU-HMMER est de 60 à 100 fois plus rapide que HMMER (2.0).
Téléchargement et installation
Données de benchmark
GPU-HMMER accélère l’outil "hmmsearch" avec la puissance des GPU, afin de bénéficier de gains de vitesse de l’ordre de 60 à 100 fois. GPU-HMMER peut exploiter la puissance de plusieurs GPU Tesla intégrés à une station de travail afin de réduire les temps de calcul de plusieurs heures à quelques secondes.
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Dossiers et présentations
- "Évaluation de l’utilisation des GPU pour la segmentation d’imagerie hépatique et les recherches dans les bases de données HMMER, J. P. Walters, V. Balu, S. Kompalli et V. Chaudhary : conférence "International Parallel and Distributed Processing Symposium" (IPDPS), 2009
- Publications complémentaires sur l’accélération des applications de bio-informatique via les GPU
Forums de discussion
SOLUTIONS GPU
Nos solutions de calcul par le GPU sont disponibles sous la forme d’un supercalculateur personnel de bureau surpassant les performances d’un cluster de CPU à 32 cœurs, ou sous la forme d’un cluster délivrant les performances d’un supercalculateur avancé, pour 1/10ème de son prix et 1/20ème de sa consommation. Basées sur l'architecture révolutionnaire CUDA, ces solutions sont conçues pour accélérer les avancées de l’informatique scientifique.
CONFIGURATION MATÉRIELLE RECOMMANDÉE
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