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GROMACS sur les GPU Tesla

GROMACS est une suite logicielle de dynamique moléculaire principalement conçue pour la simulation de molécules biochimiques comme les protéines, les lipides et les acides nucléiques, présentant de complexes interactions liées. Le portage CUDA de GROMACS, aujourd’hui disponible en version beta, permet de bénéficier des avantages de l’accélération GPU et supporte la méthode de calcul de la sommation d’Ewald, les formes arbitraires des interactions non-liées et les méthodes Generalized Born de résolution implicite.

Téléchargement et installation

• Version beta du logiciel GROMACS CUDA
• GROMACS OpenMM : notes de publication et instructions d’installation

Données de benchmark

La version CUDA de GROMACS supporte actuellement les configurations mono-GPU, et présente les résultats suivants :

	Données fournies avec l’aimable autorisation du Centre de recherche en membrane biologique de Stockholm.

Dossiers techniques

• M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. L. Ensign, C. M. Bruns, V. S. Pande. “Accelerating Molecular Dynamic Simulation on Graphics Processing Units.” J. Comp. Chem., 30(6):864-872. (2009)
• Pour en savoir plus sur l’accélération des applications de dynamique moléculaire avec CUDA, rendez-vous sur notre page de dynamique moléculaire.

Forums de discussion

• Communautés de calcul par le GPU sur GPUcomputing.net

Nos solutions de calcul par le GPU sont disponibles sous la forme d’un supercalculateur personnel de bureau surpassant les performances d’un cluster de CPU à 32 cœurs, ou sous la forme d’un cluster délivrant les performances d’un supercalculateur avancé, pour 1/10ème de son prix et 1/20ème de sa consommation. Basées sur l'architecture révolutionnaire CUDA, ces solutions sont conçues pour accélérer les avancées de l’informatique scientifique.

CONFIGURATION MATÉRIELLE RECOMMANDÉE

Stations de travail de bureau	Centres de données
GPUs 1 GPU de calcul Tesla C1060 (la version CUDA d’GROMACS supporte pour l’instant un seul GPU) CPU y memoria principal CPU x86 à 2,33 GHz Plus de 16 Go de mémoire (4 Go de mémoire principale par GPU Tesla C1060)	Non applicable (la version CUDA d’GROMACS n’est pas encore compatible avec MPI)

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