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CUDA-BLASTP sur les GPU Tesla
CUDA-BLASTP a été conçu pour accélérer la suite logicielle NCBI BLAST, permettant de scanner des bases de données de séquences protéiques en exploitant CUDA, l’architecture massivement parallèle des GPU NVIDIA Tesla. CUDA-BLASTP permet également de convertir des bases de données au format FASTA en fichiers exploitables par CUDA-BLASTP.
Téléchargement et installation
- Téléchargement de CUDA-BLASTP
- Fichier LisezMoi de CUDA-BLASTP (instructions d’installation et d’utilisation)
Données de benchmark
CUDA-BLASTP est jusqu’à 10 fois plus rapide avec deux GPU Tesla C1060 que NCBI BLAST (2.2.22) avec un CPU Intel i7-920. En passant d’une configuration basée sur le CPU à une configuration basée sur plusieurs GPU, les temps de calcul passent ainsi de plusieurs minutes à quelques secondes.
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Dossiers techniques
- Un rapport technique sur CUDA-BLASTP, développé par la Nanyang Technological University de Singapour, sera prochainement disponible.
- Publications complémentaires sur l’accélération des applications de bio-informatique via les GPU
Forums de discussion
SOLUTIONS GPU
Nos solutions de calcul par le GPU sont disponibles sous la forme d’un supercalculateur personnel de bureau surpassant les performances d’un cluster de CPU à 32 cœurs, ou sous la forme d’un cluster délivrant les performances d’un supercalculateur avancé, pour 1/10ème de son prix et 1/20ème de sa consommation. Basées sur l'architecture révolutionnaire CUDA, ces solutions sont conçues pour accélérer les avancées de l’informatique scientifique.
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