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Des chercheurs anglais et thaïlandais utilisent les GPU Telsa de NVIDIA pour combattre la prochaine épidémie de H1N1

Le recours aux clusters à GPU de haute performance va permettre de trouver des pistes pour pallier la résistance des mutations aux médicaments du virus H1N1

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Tamiflu (top right) approaches the active site of the flu enzyme neuraminidase (bottom left). (Courtesy: University of Bristol)
Tamiflu (top right) approaches the active site of the flu enzyme neuraminidase (bottom left). (Courtesy: University of Bristol)

HAMBOURG, Allemagne-ISC'12- 18 juin 2012 - NVIDIA annonce que ses GPU jouent actuellement un rôle essentiel dans la recherche et présente les moyens de prévenir les prochaines épidémies du virus mortel de la grippe H1N1.

Dans la lutte contre la grippe H1N1, une difficulté majeure a été l'apparition fréquente et rapide de mutations de virus nouveaux qui ont rendu les médicaments anti-grippaux, tels que le Tamiflu® (oseltamivir) et le Relenza® (zanamivir), inefficaces.

Cependant, en utilisant la simulation informatique, les chercheurs de l' Université de Bristol,au Royaume-Uni et les universités Rajabhat Bansomdejchaopraya et Chulalongkorn à Bangkok, ont analysé comment les mutations du virus H1N1 peuvent causer des changements dans la dynamique structurelle biologique et chimique d'une enzyme clé du virus, ce qui a permis de révéler, pour la première fois, le mécanisme de résistance à la vigueur des médicaments antigrippaux. Grâce à cette percée, il sera possible d'explorer de nouvelles voies dans lesquelles les médicaments inhibiteurs peuvent être rapidement mis au point pour répondre à ces mutations et éventuellement pour réduire l'impact dévastateur des prochaines épidémies.

Grâce à des simulations complexes depuis l'application de dynamique moléculaire AMBER,tournant sur un petit cluster doté des GPU NVIDIA® Tesla® de hautes performances, l'équipe de recherche a découvert le mécanisme de la résistance de la grippe H1N1 en deux fois moins de temps et en occupant cinq fois moins de serveurs par rapport à l'utilisation d'un cluster à CPU seul.(1)

Dans une édition récente du Biochemistry,un article détaille les résultats des chercheurs.

"Le cluster à quatre nœuds et à huit GPU nous a permis d'exécuter et de répéter rapidement un plus grand nombre de simulations complexes qu'il aurait été impossible d'effectuer autrement," déclare le Dr Christopher Woods, directeur de l'équipe de recherche du Royaume-Uni. "Ainsi, nous avons pu explorer de manière exhaustive toutes les mutations intéressantes du virus, en nous construisant une représentation détaillée, ce qui nous a permis d'identifier rapidement les principales étapes du mécanisme de la résistance. Un système équivalent à CPU seul, équipé de 16 à 24 processeurs, aurait mis deux fois plus de temps, dans le meilleur des cas. Et, il aurait été pratiquement impossible pour notre équipe de monopoliser tout ce temps sur le cluster, en raison de la forte demande pour les cycles de calcul par d'autres chercheurs de l'université."

Après l'apparition des premiers cas de grippe H1N1 en 2009, qui a infecté plus de 89 millions de personnes et tué près de 18 300 autres (2) les chercheurs du monde entier se sont empressés de découvrir comment les mutations du virus ont conduit à l'inefficacité des principaux médicaments antigrippaux. Toutefois, étudier des virus au cours d'expériences en laboratoire est difficile, parce que les réactions sont souvent trop rapides et délicates à saisir. Et, les simulations informatiques de pointe requises par ces systèmes biologiques ont été auparavant inaccessibles aux chercheurs dépourvus de coûteux supercalculateurs à hautes performances.

"Jusqu'à présent, l'utilisation de simulations informatiques pour la découverte de médicaments et la prévention des maladies a été limitée en raison de la nécessité de disposer de grands supercalculateurs onéreux pour étudier les systèmes biologiques", a déclaré Sumit Gupta, directeur de l'unité Tesla chez NVIDIA. "Aujourd'hui, avec un petit serveur économique à base de GPU, les chercheurs bénéficient chez eux d'un système de haute performance pour les aider dans leurs travaux scientifiques."

Pour que plus de chercheurs puissent être en mesure de bénéficier de la puissance de l'accélération GPU, NVIDIA a lancé le programme GPU Test Drive. Il permet aux chimistes et aux biologistes informaticiens de découvrir gratuitement l'accélération GPU de leurs simulations de dynamique moléculaire sur un cluster à GPU hébergé à distance.

Pour en savoir plus ou pour vous inscrire, allez ici: GPU Test Drive.

À propos des GPU Tesla de NVIDIA
Les GPU Tesla de NVIDIA sont des accélérateurs massivement parallèles basées sur la plateforme de calcul parallèle CUDA® de NVIDIA. Conçus entièrement pour le calcul haute performance (HPC), l'informatique et le supercalcul, ces processeurs graphiques Tesla délivrent incontestablement plus de performance par rapport aux CPU seuls pour un large éventail d'applications scientifiques et commerciales

Pour plus d'informations sur les GPU Tesla de NVIDIA, allez sur le site web de Tesla.Pour en savoir plus sur CUDA ou télécharger la dernière version en date, allez sur le site web de CUDA.Pour plus de nouveautés NVIDIA, d'information sur la société et ses produits ou encore de vidéos/images, rendez-vous sur le newsroom NVIDIA.Vous pouvez également nous suivre sur Twitter (@ NVIDIATesla).

À propos de NVIDIA
NVIDIA (NASDAQ : NVDA) a révolutionné le monde de l’informatique en inventant le processeur graphique (GPU) en 1999. Aujourd’hui, les nouveaux processeurs NVIDIA boostent une grande gamme de produits allant des smartphones aux supercalculateurs. Les processeurs mobiles de NVIDIA équipent les téléphones portables, les tablettes et les systèmes automobiles d'information/divertissement. Les joueurs PC profitent des GPU NVIDIA pour vivre une expérience époustouflante et immersive. Les professionnels les utilisent - entre autres - pour créer des effets spéciaux pour l’industrie du cinéma et pour concevoir des produits allant des clubs de golf aux avions de ligne. Quant aux chercheurs, ils exploitent la puissance des GPU pour repousser les frontières de la science avec le calcul haute performance. NVIDIA détient actuellement plus de 5000 brevets d’invention, qui ont donné naissance à des évolutions incontournables de l’informatique moderne. Pour plus d’informations, rendez-voussur www.nvidia.fr.

Certaines déclarations contenues dans ce communiqué de presse, y compris, mais non limité à des déclarations comme : l’impact et les avantages des GPU Tesla ; et les effets des brevets de la société sur l'informatique moderne sont des énoncés prospectifs qui sont assujettis à risques et incertitudes qui pourraient entraîner des résultats sensiblement différents que les attentes. Parmi les éléments importants qui pourraient donner lieu des résultats réels différents figurent: la conjoncture économique mondiale, notre dépendance envers des tiers à fabriquer, assembler, conditionner et tester nos produits; l'impact du développement technologique et de la concurrence, le développement de nouveaux produits et de nouvelles technologies ou les améliorations de nos produits et de nos technologies; la confiance du marché pour nos propres produits ou pour ceux de nos partenaires; la conception, les défauts de fabrication ou de logiciels, les changements dans les préférences ou les attentes des consommateurs, les changements de normes de l'industrie et des interfaces, la perte inattendue de performance de nos produits ou technologies une fois intégrés dans les systèmes, ainsi que d'autres facteurs détaillés de temps à autre dans les rapports que NVIDIA dépose auprès de la Securities and Exchange Commission, ou SEC, y compris son formulaire 10-Q pour l'exercice financier terminé le 29 avril 2012. Des copies des rapports déposés auprès de la SEC sont affichées sur le site Web de la société et sont disponibles auprès de NVIDIA sans frais. Ces énoncés prospectifs ne sont pas des garanties de performances futures et ne sont valables qu'à la date des présents et, sauf si la loi l'exige, NVIDIA décline toute obligation d'actualiser ces énoncés prospectifs pour refléter des événements ou circonstances futurs.

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