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Des chercheurs chinois exploitent un supercalculateur à GPU pour effectuer la première simulation mondiale complète du virus HIN1

 
 

Les GPU Telsa aident des chercheurs chinois à améliorer les médicaments et à prévenir des épidémies.

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Stéphane Quentin
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NVIDIA
Email: squentin@nvidia.com
Direct: +33 1 55 63 84 93

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OXYGEN
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www.oxygen-rp.com

SANTA CLARA, Californie - 14 novembre 2011 - NVIDIA a annoncé que des chercheurs chinois ont fait un grand pas dans la course contre la grippe, en utilisant des GPU NVIDIA® Tesla™ pour réaliser la première simulation informatique au monde du virus grippal H1N1 en entier, et ce, au niveau de l'atome.

Des chercheurs de l'Institut du Génie des Procédés de l'Académie Chinoise des Sciences (CAS-IPE) utilisent des simulations de dynamique moléculaire comme un "microscope de calcul" pour explorer la structure atomique du virus de la grippe H1N11. Grâce au Mole-8.5 - un supercalculateur bénéficiant de l'accélération matérielle de plus de 2.200 GPU NVIDIA Tesla -, des chercheurs sont parvenus à simuler le virus complet de la grippe H1N1, ce qui leur a permis de vérifier les connaissances théoriques et expérimentales actuelles sur le virus.

"Le supercalculateur à GPU Mole-8.5 nous permet d'effectuer des recherches scientifiques qui n'étaient tout simplement pas possibles auparavant", a déclaré le Docteur Ren Ying, professeur adjoint à CAS-IPE."Cette recherche est une étape importante dans le développement de moyens plus efficaces pour contrôler les épidémies et pour créer des médicaments anti-viraux."

L'étude des bactéries et des virus dans les expériences de laboratoire est difficile, parce que les réactions sont souvent trop rapides et délicates à saisir. Et auparavant, les simulations informatiques de ces systèmes n'étaient pas à la portée des supercalculateurs, à cause de la complexité de la simulation des milliards de particules variant selon les bonnes conditions environnementales.

Les chercheurs de la CAS-IPE sont arrivés à leurs fins en développant une application de simulation de dynamique moléculaire qui bénéficie de l'accélération GPU2. Cette application a été exécutée sur le supercalculateur à GPU Mole-8.5 composé de 288 nœuds de serveur. Le système a été capable de simuler 770 picosecondes par jour avec un pas de temps d'intégration de 1 femtosecond pour 300 millions d'atomes ou de radicaux1.

Parmi les autres exemples de la vaste gamme de recherches scientifiques en cours en Chine à utiliser des systèmes de calcul haute performance reposant sur les GPU figurent :

  • la simulation de l'écoulement turbulent - La simulation des écoulements turbulents est essentielle pour un nombre incalculable de domaines allant de la formation des ouragans jusqu’au processus de mélanges dans l'industrie chimique. Ce travail a été accompli par des chercheurs de l'Université de Pékin en utilisant le supercalculateur à GPU Tianhe-1A, au Tianjin Supercomputing Center.
  • la modélisation météorologique - Grâce au système Tianhe-1A, les chercheurs de l'Université Nationale de la Technologie de la Défense ont simulé un modèle à ondes longues de rayonnement physique, appelé RRTM_LW, à partir du modèle WRF de prévisions météorologiques. Ce modèle bénéficiant de l'accélération GPU a multiplié par deux les performances, ce qui permet aux prévisionnistes d'affiner encore plus la modélisation du temps en termes de détail et de résolution.
  • les simulations de l'énergie de fusion - Travaillant dans le cadre de la collaboration internationale du projet ITER pour la recherche sur l'énergie de fusion, des physiciens de l'Université de Californie à Irvine utilisent le supercalculateur à GPU Tianhe-1A en vue d’accélérer le logiciel GyrokineticTorodial Code pour les simulations de l'énergie de fusion.

Pour plus d'informations sur l'Institut de Génie des Procédés de l'Académie Chinoise des Sciences (CAS-IPE), allez ici : http://english.ipe.cas.cn/. Pour plus d'informations sur les GPU NVIDIA Tesla pour le calcul haute performance, cliquez ici.

À propos de NVIDIA
NVIDIA (NASDAQ : NVDA) a révolutionné le monde de l’informatique en inventant le processeur graphique ( GPU ) en 1999. Aujourd’hui, les nouveaux processeurs NVIDIA boostent une grande gamme de produits allant des smartphones aux supercalculateurs. Les processeurs mobiles de NVIDIA équipent les téléphones portables, les tablettes et les systèmes automobiles d'information/divertissement. Les joueurs PC profitent des GPU NVIDIA pour vivre une expérience époustouflante et immersive. Les professionnels les utilisent - entre autres - pour créer des effets spéciaux pour l’industrie du cinéma et pour concevoir des produits allant des clubs de golf aux avions de ligne. Quant aux chercheurs, ils exploitent la puissance des GPU pour repousser les frontières de la science avec le calcul haute performance. NVIDIA détient actuellement plus de 2100 brevets d’invention, qui ont donné naissance à des évolutions incontournables de l’informatique moderne. Pour plus d’informations, rendez-vous sur www.nvidia.fr.

Certaines déclarations contenues dans ce communiqué de presse, y compris, mais non limité à des déclarations comme: l'impact, les avantages et les performances des GPU et les applications connexes; et les effets des brevets de la société sur l'informatique moderne sont des énoncés prospectifs qui sont assujettis à risques et incertitudes qui pourraient entraîner des résultats sensiblement différents que les attentes. Les éléments importants qui pourraient donner lieu des résultats réels différents sont : la conjoncture économique mondiale, notre dépendance envers des tiers à fabriquer, assembler, conditionner et tester nos produits; l'impact du développement technologique et de la concurrence, le développement de nouveaux produits et de nouvelles technologies ou les améliorations de nos produits et de nos technologies; la confiance du marché pour nos propres produits ou pour ceux de nos partenaires; la conception, les défauts de fabrication ou de logiciels, les changements dans les préférences ou les attentes des consommateurs, les changements de normes de l'industrie et des interfaces, la perte inattendue de performance de nos produits ou technologies une fois intégrés dans les systèmes, ainsi que d'autres facteurs détaillés de temps à autre dans les rapports que NVIDIA dépose auprès de la Securities and Exchange Commission, ou SEC, y compris son formulaire 10-Q pour l'exercice financier terminé le 31 juillet 2011.Des copies des rapports déposés auprès de la SEC sont affichées sur le site Web de la société et sont disponibles auprès de NVIDIA sans frais. Ces énoncés prospectifs ne sont pas des garanties de performances futures et ne sont valables qu'à la date des présents et, sauf si la loi l'exige, NVIDIA décline toute obligation d'actualiser ces énoncés prospectifs pour refléter des événements ou circonstances futurs.

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1 J. Xu, X. Wang, X. Il, Y. Ren Ge W..J. Li, l'application du supercalculateur Mole-8.5: explorer tous les virions grippaux à l'échelle atomique. Bulletin des sciences chinoises, 2011. 56: p. 2114-2118.
2 J. Xu, Y. Ren W. Ge, X. Yu, X. Yang.J. Li, Simulation de la dynamique moléculaire des macromolécules en utilisant le GPU. Simulation moléculaire, 2010. 36: p. 1131-1140.



 
 
 
 
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