Dynamique moléculaire

Les applications de dynamique moléculaire tirent parti de l'architecture massivement parallèle des GPU de NVIDIA. Ci-dessous, retrouvez des informations sur des travaux relatifs à VMD et sur des packs de logiciels de dynamique moléculaire tels que NAMD et HOOMD.

Le lancement de l'initiative NVIDIA Tesla Bio Workbench permet aux biophysiciens et aux chimistes de repousser les limites de la recherche biochimique, ce qui permet d'optimiser le flux de travail et d'accélérer les avancées de la recherche. En savoir plus.

Simulation Generalized Born d'AMBER San Diego Supercomputing Center	Exploitation de NAMD sur un cluster de GPU Theoretical and Computational Bio-physics Group, UIUC

* Accélération théorique par rapport à un système basé sur un CPU quad-core x64. Données calculées en interne par NVIDIA ou fournies par l’éditeur de l’application.

Télécharger des logiciels de dynamique moléculaire pour CUDA

• En savoir plus sur l'accélération par le GPU dans VMD
• NAMD 2.7 bêta 2 incluant l'accélération CUDA
• HOOMD : programme de simulation de modèles de dynamique moléculaire (Highly Optimized Object Oriented Molecular Dynamics)
• MDGPU
• LAMMPS GPU Port
• GPUGrid.net
• Bibliothèque OpenMM pour l'accélération de la dynamique moléculaire sur les GPU
• GROMACS avec OpenMM
• Moteur de production de dynamique biomoléculaire ACEMD
• Port CUDA d'AMBER
• BigDFT : Code de structure électronique DFT (Théorie de la fonctionnelle de la densité) -- Article PDF
• TeraChem : premier code de chimie quantique écrit ex novo pour les GPU CUDA

Rapports techniques sur la dynamique moléculaire sur CUDA

• Accélération du VASP : accélération des calculs de structure électronique à onde plane à l'aide de processeurs graphiques
• Tutoriel CUDA pour NAMD (Supercomputing 08) and VMD
• Publications sur NAMD et VMD
• Une implémentation de la méthode SPME (Smooth Particle-Mesh Ewald) sur GPU
• Accélération des simulations de dynamique moléculaire avec AMBER sur les GPU
• Publications sur HOOMD
• Microscopie à fluorescence
• Collecte de puissance graphique pour les simulations de MD
• Folding@home (avec GROMACS)
• Simulations de dynamique moléculaire avec Ascalaph Liquid

Présentations

Sessions/Conférences sur la technologie GPU

• Keynote : la science en haut débit , Hanspeter Pfister, Université de Harvard
• Accélération de la dynamique moléculaire avec AMBER sur les GPU , The Scripps Research Institute et San Diego Supercomputer Center
• Visualisation accélérée par le GPU et analyse en VMD , Université de l'Illinois de Champaign-Urbana
• Biophysique numérique et électrostatique à longue distance sur les GPU , NVIDIA
• Informatique bénévole pour GPU : Pétaflops gratuits , UC Berkeley
• Exploitation du GPU pour la formation chirurgicale et la planification préopératoire , CSIRO
• Solveurs accélérés par le GPU pour les ODE décrivant des équations de membrane cardiaque , UC San Diego
• Reconstruction du cerveau : extraction de circuits neurologiques avec CUDA et la MPI , Université de Harvard
• Débloquer la vision informatique bio-inspirée : une approche haut débit , MIT
• Simulation à grande échelle de Lattice QCD avec un cluster de GPU , Université nationale de Taiwan

Présentations sur la SC09

• Présentation du support de NVIDIA CUDA dans AMBER – Leçons apprises, capacités gagnées , Ross Walker, Université de Californie San Diego, San Diego Supercomputing Center
• Exploitation de la vitesse des GPU pour accélérer la simulation de particules avec LAMMPS , Paul Crozier, Sandia National Laboratory
• Accélération des applications de modélisation moléculaire avec le GPU Computing , John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, Université de l'Illinois de Champaign-Urbana

• Chimie par modélisation numérique
• Imagerie médicale
• Bio-informatique et sciences biologiques
• Accélération MATLAB

• Autres solutions verticales TESLA
• Outils de développement de logiciels et bibliothèques CUDA