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Accélération spectaculaire de la simulation de virus

		Les virus, qui sont la cause de nombreuses maladies, sont les plus petits organismes naturels connus. C’est à cause de leur simplicité et leur petite taille que les bio-informaticiens qui ont tenté pour la première fois de simuler un type biologique entier sur ordinateur ont choisi l’un des plus petits virus existants : le virus de la mosaïque du tabac (STMV). Les chercheurs ont simulé ce virus dans une goutte d’eau salée en utilisant le programme NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics) de l’Université de l’Illinois d’Urbana-Champaign.
Vue du STMV montrant la capside de protection qui renferme le génome viral.	Disposition icosaédrique de la capside du STMV.

L’accélération de NAMD avec CUDA™ a permis de faire tourner le programme jusqu’à 12 fois plus vite, soit des accélérations atteignant 330X par rapport à un unique cœur de CPU grâce à un cluster accéléré par GPU du National Center for Supercomputing Applications (NCSA). Les chercheurs pensent que cette étape aidera la médecine moderne à mieux comprendre et traiter les maladies virales.

www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Sites des ions (en orange) reliant le génome viral, localisés en utilisant un programme accéléré par CUDA.