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Chimie assistée par ordinateur
À l’heure actuelle, il existe plusieurs projets, utilisant des GPU compatibles CUDA, visant à accélérer les principaux codes informatiques de chimie quantique, dont les codes Gaussian et GAMESS. Les tableaux ci-dessous présentent des résultats d’exploitation. Ils sont accompagnés de liens vers plusieurs logiciels et des rapports techniques relatifs à l’accélération CUDA en matière de chimie par modélisation numérique.
Le lancement de l’initiative NVIDIA Tesla Bio Workbench permet aux biophysiciens et aux chimistes de repousser les limites de la recherche biochimique, ce qui permet d’optimiser le flux de travail et d’accélérer les avancées de la recherche. En savoir plus.
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| Claculs de champ autoconsistant (SCF) directs Ufimtsev et Martinez |
Évaluation des intégrales à deux électrons Koji Yasuda |
| Éditeur / Application | Fonctions principales | Accélération théorique* | Statut |
| GAMESS-US | Algorithme Libqc avec quadrature Rys, évaluation intégrale, construction en couche électronique saturée de matrice de Fock. | En développement | |
| NWChem | Planificateurs de tâches Reg-CCSD(T), CCSD & EOMCCSD | 3-8x projected | En développement |
| Q-CHEM | Fonctions multiples incluant RI-MP2. | En développement | |
| TeraChem | Solution intégralement basée sur les GPU | 44-650x | Disponible, version 1.45 |
| VASP | Itération de Davidson | 3x-6.5x | Disponible |
* Accélération théorique par rapport à un système basé sur un CPU quad-core x64. Données calculées en interne par NVIDIA ou fournies par l’éditeur de l’application.
Téléchargez des logiciels de dynamique moléculaire pour CUDA
- En savoir plus sur l’accélération GPU dans VMD
- Beta de NAMD 2.7 intégrant des capacités d’accélération CUDA
- Solution HOOMD de dynamique moléculaire hautement optimisée orientée objet
- Bibliothèque OpenMM pour l’accélération des logiciels de dynamique moléculaire via les GPU
- GROMACS avec OpenMM
- Portage CUDA de la suite logicielle AMBER
- Portage GPU de la suite logicielle LAMMPS
- TeraChem : premier code de chimie quantique conçu pour profiter des GPU CUDA
- ACE-MD
- MDGPU
- GPUGrid.net
- BigDFT : Code électronique structurel DFT (Théorie de la fonctionnelle de la densité) -- Article au format PDF
- PC GAMESS avec CUDA
- Travaux de Todd Martinez sur la chimie quantique via les GPU
- Q-Chem avec CUDA
- Exemple d’intégration de la méthode de calcul de la sommation d’Ewald via les GPU
- Évaluation intégrale à deux électrons via les GPU
- Accélération de la méthode de calcul FMO avec CUDA
- Publications NAMD et VMD
- Dynamique moléculaire avec une grille GPU
Sessions sur la Technologie GPU :
- Keynote : Science à haut débit , Hanspeter Pfister, Université d’Harvard
- Dynamique moléculaire accélérée par les GPU avec AMBER, Institut de recherche Scripps et Centre de Supercalcul de San Diego
- Procédures de visualisation et d’analyse accélérées par les GPU avec VMD, Université d’Illinois à Champaign-Urbana (UIUC)
- Simulations biophysiques & Électrostatique à longue portée via les GPU, NVIDIA
- Calcul bénévole pour les GPU : Pétaflops gratuits, UC Berkeley
- Exploitation des GPU pour la formation chirurgicale et la planification préopératoire, CSIRO
- Outils de résolution accélérés par les GPU pour les ODE de description des équations de membrane cardiaque, UC San Diego
- Reconstruction cérébrale : Extraction des circuits neuronaux avec CUDA et MPI, Université d’Harvard
- Déverrouillage de la vision par ordinateur d’inspiration biologique : approche à haut débit, MIT
- Simulation à grande échelle de chromodynamique quantique sur réseau avec les clusters de GPU, Université nationale de Taiwan
- Aperçu du support de NVIDIA CUDA dans AMBER - Méthodes apprises, capacités acquises, Ross Walker, Université de Californie à San Diego, Centre de Supercalcul de San Diego
- Exploitation de la puissance des GPU pour accélérer les simulations de particules sous LAMMPS - Paul Crozier, Laboratoire national de Sandia
- Accélération des applications de modélisation moléculaire avec le calcul par le GPU - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, Université de l’Illinois à Urbana Champaign (UIUC)