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Chimie assistée par ordinateur
À l’heure actuelle, il existe plusieurs projets, utilisant des GPU compatibles CUDA, visant à accélérer les principaux codes informatiques de chimie quantique, dont les codes Gaussian et GAMESS. Les tableaux ci-dessous présentent des résultats d’exploitation. Ils sont accompagnés de liens vers plusieurs logiciels et des rapports techniques relatifs à l’accélération CUDA en matière de chimie par modélisation numérique.
Le lancement de l’initiative NVIDIA Tesla Bio Workbench permet aux biophysiciens et aux chimistes de repousser les limites de la recherche biochimique, ce qui permet d’optimiser le flux de travail et d’accélérer les avancées de la recherche. En savoir plus.
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| Claculs de champ autoconsistant (SCF) directs Ufimtsev et Martinez |
Évaluation des intégrales à deux électrons Koji Yasuda |
Téléchargez des logiciels de dynamique moléculaire pour CUDA
- En savoir plus sur l’accélération GPU dans VMD
- Beta de NAMD 2.7 intégrant des capacités d’accélération CUDA
- Solution HOOMD de dynamique moléculaire hautement optimisée orientée objet
- Bibliothèque OpenMM pour l’accélération des logiciels de dynamique moléculaire via les GPU
- GROMACS avec OpenMM
- Portage CUDA de la suite logicielle AMBER
- Portage GPU de la suite logicielle LAMMPS
- TeraChem : premier code de chimie quantique conçu pour profiter des GPU CUDA
- ACE-MD
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- GPUGrid.net
- BigDFT : Code électronique structurel DFT (Théorie de la fonctionnelle de la densité) -- Article au format PDF
- PC GAMESS avec CUDA
- Travaux de Todd Martinez sur la chimie quantique via les GPU
- Q-Chem avec CUDA
- Exemple d’intégration de la méthode de calcul de la sommation d’Ewald via les GPU
- Évaluation intégrale à deux électrons via les GPU
- Accélération de la méthode de calcul FMO avec CUDA
- Publications NAMD et VMD
- Dynamique moléculaire avec une grille GPU
Conférence sur la Technologie GPU 2012 (en anglais) :
- Optimisation de la modélisation scientifique avec l'accélération GPU de Quantum Espresso – Irish Centre for High-End Computing
- Langage de chimie quantique pour les clusters de calcul hybride – Pacific Northwest National Labs
- Accélération GPU de VASP – Université de Chicago
- Calculs DFT pseudopentiels de principe premier à grande échelle avec les clusters de GPU – Académie chinoise des sciences
- Chimie quantique : génération de code automatisée et optimisation pour les kernels de GPU – Stanford
Retrouvez plus de présentations sur le site GTC On-Demand .
Présentations du SC09- Aperçu du support de NVIDIA CUDA dans AMBER - Méthodes apprises, capacités acquises, Ross Walker, Université de Californie à San Diego, Centre de Supercalcul de San Diego
- Exploitation de la puissance des GPU pour accélérer les simulations de particules sous LAMMPS - Paul Crozier, Laboratoire national de Sandia
- Accélération des applications de modélisation moléculaire avec le calcul par le GPU - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, Université de l’Illinois à Urbana Champaign (UIUC)